Gleichzeitig spielte Beckenbauer ab 1964 mit Gerd Müller und Sepp Maier bei den Bayern zusammen und bestimmte in den kommenden Jahren den deutschen Fußball. Zumal der Libero mit den beiden anderen Spielern eine Achse bildete, die sowohl bei den Bayern als auch beim DFB maßgebend war. In der Offensive konnte er sich mit seinem Spielverständnis immer wieder einschalten und leitete Angriffe immer wieder selbst ein, während Müller dann nur allzu häufig vollstrecken konnte. In der Defensive agierte er mit so viel Übersicht, dass eher wenig passierte, man aber im Tor über einen der damals besten Torhüter der Welt verfügte- Sepp Maier. 

Die Titelsammlung der Bayern begann ab 1966 mit dem Gewinn des DFB Pokals. im folgenden Jahr gewannen die Bayern als zweite deutsche Mannschaft den Pokal der Pokal- Sieger. 1969 gewann Beckenbauer mit den Bayern den ersten Meistertitel. Seine Rolle als Libero fand Beckenbauer auch zu der Zeit, als die Bayern zum ersten Mal Meister wurden. Endgültig  als einer der besten Fußballer der Welt war er im Jahr 1972, als er mit Deutschland die Europameisterschaft gewann und zum erste Mal zum Weltfußballer gekürt wurde. Zu diesem Zeitpunkt war auch mit 26 Jahren Kapitän der Nationalmannschaft. Schon zuvor aber spielte Beckenbauer in den großen Spielen auf internationalem Boden. Er stand im WM.- Finale 1966, absolvierte  das Jahrhundert-Spiel (3:4) gegen Italien bei der WM 1970 und erlangte dann im heimischen Land 1974 den Weltmeistertitel. Spätestens ab da war er eine aktive Legende, einer der größten Fußballer aller Zeiten. 2 Jahre später wurde Beckenbauer dann zum zweiten Mal zum Weltfußballer gewählt. 

1977 ging Beckenbauer mit damals 31 Jahren in die USA und spielte fortan für Cosmos New York an der Seite von Pelé. Damit waren zwei der größten Fußballer der Geschichte zusammen, wurden dreimal Meister. Der König und der Kaiser- ein Beiname, den Beckenbauer seit 1968 trug- sie waren ein kongeniales Duo. Auch neben dem Platz waren sie enge Freunde. Neid oder Missgunst kannten die beiden nicht. Der Wechsel in die USA, damals waren die USA mehr oder minder ein fußballerisches Entwicklungsland, stellte das Ende der Karriere in der Nationalmannschaft dar. 

1980 ging Beckenbauer zurück in die Bundesliga, wechselte zum HSV und gewann 1982 seinen fünften und letzten deutschen Meistertitel.  Eine letzte Saison absolvierte Beckenbauer 1983 erneut in New York und fungierte dann ab 194 als Teamchef der deutschen Nationalmannschaft, da er keine gültige Trainerlizenz besaß.  

Bemerkenswert waren nicht nur die Verläufe der Turniere der Nationalmannschaft mit Beckenbauer als Teamchef, sondern auch das Verständnis des Kaisers bezüglich seiner Torhüter. Als Spieler hatte er lange mit Sepp Maier zusammengespielt, wodurch er wusste, wie wichtig ein Torhüter für die Mannschaft war. Allerdings galt Beckenbauer bezüglich der Wahl der Torhüter nicht immer als unumstritten. 

Gleichsam war es das letzte Spiel Beckenbauers als deutscher Teamchef. Nach der WM verkündete der Kaiser seinen Rücktritt, bekam vom DFB ehrenhalber gleichsam die Trainerlizenz ausgestellt. Es folgte die Station als Technischer Direktor von Olympique Marseille, wobei er im weiteren Verlauf in 13 Spielen als Trainer fungierte. Allerdings erkannte der französische Fußballverband Beckenbauers Trainerlizenz nicht an, sodass Beckenbauer, der sich aufgrund der dadurch resultierenden Unruhe auch mit seinem vorzeitigen Abschied aus Marseille befasste, im Dezember 1990 in das Amt des technischen Leiters wechselte. Olympique erreichte im weiteren Verlauf der Saison das Finale des Pokals der Landesmeister, verlor aber im Elfmeterschießen gegen Roter Stern Belgrad. 

Ende 1993 kehrte Beckenbauer zu seiner alten Liebe, dem FC Bayern München, noch einmal in einer prägenden Rolle zurück und holte als Trainer noch den Meistertitel, wobei er 1991 zum Vizepräsidenten gewählt wurde. . Ab der darauffolgenden Saison war zwar Otto Rehagel Trainer, doch wurde dieser im April 1996 entlassen, sodass Beckenbauer noch einmal einsprang und mit dem Team den UEFA Cup holte. Es war der letzte Auftritt des Kaisers als Trainer bzw. Teamchef. Anschließend war die große Lichtgestalt des deutschen Fußballs als Bayern-Präsident von 1994 bis 2009 tätig und hatte bezüglich der Vergabe um die Weltmeisterschaft 2006 nach Deutschland eine sehr große Rolle inne. Während dubiose Zahlungen rund um die Vergabe nie aufgeklärt wurden, galt gerade dem Kaiser der große Dank dafür, dass dieses Turnier in Deutschland stattfand und später als das Sommermärchen in die deutsche Fußball-Geschichte einging.

Auch mit Manuel Neuer und Oliver Kahn hatte der Kaiser einige Berührungspunkte, da er zu Kahns Zeiten Präsident der Bayern war und nie ganz weit weg vom Tagesgeschehen war. Als Manuel Neuer zu den Bayern kam, war der Kaiser zwar eigentlich nur noch als Funktionär der FIFA tätig, doch blieb die große Verbundenheit zu dem Klub, den er so lange und so maßgeblich mitprägen konnte, bestehen. Besonders die Abschiedsworte von Belgiens Torwart-Legende, Jean-Marie Pfaff- zeigen diese Verbundenheit des Kaisers mit den Bayern aber auch mit dem Fußball im Allgemeinen: „Ich könnte gerade nur weinen. Danke, Franz, Du hast mir immer geholfen. Du hast allen immer geholfen, still und leise. Du warst ein großes Vorbild für mich- als Sportler, aber vor allem als Mensch. Auf der ganzen Welt hat man Franz respektiert, aber er hat auch jeden respektiert. So eine Persönlichkeit werden wir im Fußball nicht mehr erleben.“ 

Mit Franz Beckenbauer ist nicht nur einer der besten Fußballer aller Zeiten gegangen, sondern vor allem für Fußball-Deutschland die Person, die den Sport so sehr geprägt hat wie keine andere. Keine andere deutsche Fußball-Legende war so groß, wie es der Kaiser war. So strategisch und elegant hat keiner weiter gewirkt, nicht auf dem Platz und auch als Teamchef der deutschen Nationalmannschaft gab es wenige, die mit Beckenbauer in einem Atemzug genannt werden könnten. Pelé war der wohl beste Fußballer aller Zeiten, er war „il Rey“. Doch noch würdevoller auf dem Platz, war Franz Beckenbauer, war der Kaiser. Nun sind die beiden engen Freunde im Tod wieder symbolisch vereint.