Jan Novota begann seine Karriere bei kleineren slowakischen Vereinen. Im Jahr 2005 wechselte er zum slowakischen Erstligisten FC Senec, bei dem er zwei Jahre später sein Erstligadebüt feierte und dort mit starken Leistungen zu überzeugen wusste. Nach der Fusion 2008 mit dem DAC Dunajská Streda spielte er dort zwei Jahre lang. Im Sommer 2010 wechselte er zum griechischen Erstligisten Panserraikos, kehrte allerdings nach einem halben Jahr wieder zurück. Juli 2011 wurde der Slowake ablösefrei vom österreichischen Rekordmeister SK Rapid Wien verpflichtet.